首先，生物有機肥施入土層不易過深。因為生物有機肥是依靠其微生物活性來分解有機質的，其活性在一定的溫度、濕度、透氣性、有機物質的條件下才能實現。施入太深，會影響生物肥活性。

其次，生物有機肥施用時也不宜與單一化肥混施。單一化肥因其成分單一，且酸堿程度不同，如果大量施用，勢必影響生物有機肥的生物活性。因此，生物有機肥宜單獨施用。

另外，生物有機肥穴施更重要，特別是茄果類蔬菜，重茬現象不可避免。即使補施了一些生物肥、微肥，由于受溫度、濕度、透氣性、有機質等條件的影響，再加上幼苗根弱的原因，很難快速發揮作用。如果穴施生物有機肥，一方面可快速促進活躍土壤，提高土壤透氣性，促進根系快速生長發育；另一方面，可緩解因有機肥腐熟不完全、化肥沒分解形成養分的空缺，及時供給根系養分，給根系一個良好的生長環境，促進團根早形成。