由于生物有機肥和精制有機肥（將畜禽糞便、秸稈等有機物料進行無害化處理后形成的商品有機肥）在商品形態上區別不大，加之一些精制有機肥廠家夸大宣傳，在包裝標識上打擦邊球，有意靠近生物有機肥，給廣大農民和一些經銷商造成概念上的混淆。其實，生物有機肥和精制有機肥是有本質區別的。

 生物有機肥執行標準為NY884—2004，以有效活菌數和有機質為考量指標，要求每克含有效活菌數不低于2000萬個，有機質不低于25%（按新檢測方法調整為40%）。對無機養分的要求為：若產品中加入無機養分，應明示產品中總養分含量，以氮、五氧化二磷、氧化鉀總量表示；而精制有機肥執行標準為NY525—2002，以有機質和氮磷鉀為考量指標，要求有機質不低于30%，氮磷鉀總含量不低于4%。簡單說，生物有機肥含有益功能菌，精制有機肥不含有益功能菌。

  第二、管理權限不同。生物有機肥的管理、發證機關為國家農業部，只有獲得農業部微生物肥料登記證的生物有機肥才允許生產、銷售和使用；精制有機肥的管理、發證機關為省級農業主管部門。簡單說，生物有機肥是國家發證，精制有機肥是省上發證，這是區別生物有機肥和精制有機肥 直接的方法。

  第三、生產工藝不同。生物有機肥是在發酵腐熟的有機肥中加入有益菌制成的，生產工藝的核心是菌種的發酵培養，培養結果要使產品中的有效活菌數達到農業行業標準的要求，否則就是不合格產品。而精制有機肥的生產工藝僅僅是有機肥的腐熟。從生產工藝考量，生物有機肥有菌種培養工藝，精制有機肥沒有。有經驗的經銷商考察生物有機肥企業時，不僅看廠區規模，還要看有沒有菌種培養工藝和工藝的先進性。

  第四、施用效果不同。生物有機肥發揮作用的主要是其中的有益功能菌，因此除具有精制有機肥補充土壤有機質的功能外，還有疏松土壤、改善農作物品質、提高化肥利用率、刺激根系發育、防病抑病等菌肥的功能，另外，生物有機肥中的功能菌還能促進有機質進一步熟化和營養物質轉化，提高有機質效能。簡單說，生物有機肥的功能要比精制有機肥寬泛得多，充其量也只能說精制有機肥是生物有機肥的半成品。

  第五、銷售價格不同。相對精制有機肥而言，生物有機肥增加了菌種發酵環節，對工藝的要求要嚴格得多，較大幅度增加了生產成本，售價也相應提高。